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Nous sommes en 20XX. Lors de la restauration de Meiji, les ninjas, qui avaient jadis forgé l'histoire d'Oedo, se sont dispersés dans tout le pays.
En se mêlant à d'autres clans, le sang de ces ninjas s'est dilué, et a fini par disparaître peu à peu. Les descendants de ces clans ninja, cherchant à préserver leur héritage, ont alors créé l'Association Mondiale des Ninjas, la WNA (World Ninja Association), dans l'espoir de perpétuer leurs traditions.
Et c'est ainsi que la WNA réussi à développer le ninja-gum, un chewing-gum spécial capable de réveiller la force du shinobi.
Cependant, créer le ninja-gum le plus puissant nécessite un A.D.N. ninja tout aussi puissant.
C'est pour cela que Ninjala a été créé, afin de trouver les plus puissants ninjas...